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El Jardín Botánico de Córdoba se encuentra localizado en una zona privilegiada de la ciudad, junto a la Mezquita, Puente Romano, Arco del Triunfo, Seminario, Palacio Episcopal, Alcázar de los Reyes Cristianos, Baños Califales, Murallas, Parque Zoológico y Ciudad Universitaria.
- El eje principal del Jardín discurre paralelo al río Guadalquivir y permite la distribución armónica de las distintas zonas que se distribuyen por el mismo. El río es un elemento vivo plenamente integrado en el ambiente histórico-cultural y en la propia ciudad y constituye uno de los elementos de máximo interés en los que últimamente se ha volcado la ciudad.
- El acceso al Jardín para los visitantes está localizado en la parte más cercana al Puente de San Rafael. Allí se encuentra la taquilla, cafetería y tienda del Jardín, junto con otras instalaciones de uso múltiple.
- Cercana a la entrada y situado a su izquierda está localizado el Arboretum de diseño paisajístico y caminos sinuosos que conducen al Museo de Paleobotánica, localizado en el Molino de la Alegría.
- Hacia la derecha del Acceso de entrada se encuentra la Escuela Agrícola, con colecciones de especies de interés económico, dando especial relevancia a las más frecuentemente cultivadas en Andalucía.
- Atravesamos la Escuela Agrícola y por el Paseo Central bordeado en casi su totalidad por setos de naranjo ya existentes antes de la construcción del Jardín y con un estilo hispano-árabe, definido por fuentes de planta octogonal y canales de agua en movimiento, de líneas muy sobrias, caminos rectilíneos de distribución geométrica enmarcados por setos bajos de arrayán y los setos altos de naranjo.
- Este paseo nos lleva a la Plaza Central con una fuente de planta octogonal de un metro de altura, que rebosa agua sobre otro depósito, octogonal, a nivel del suelo, una Cyca (Cycas revoluta) centenaria ocupa el lugar privilegiado de esta fuente. De aquí parten los canales que recorrerán los paseos centrales a izquierda y derecha, terminando en sendas fuentes de trazado idéntico a la ya descrita en las dos plazuelas laterales existentes.
- En esta zona está localizado el edificio Técnico-Administrativo que incluye laboratorios, Herbario, Biblioteca, Área de Paleobotánica, y despachos de Dirección y Administración.
- Frente al edificio de acceso se sitúa un Invernadero monumental de tres cuerpos, para la exhibición al público de plantas que por sus especiales limitaciones de clima (tropicales, subtropicales, etc.) requieran condiciones específicas de humedad y temperatura.
- A la derecha del edificio Técnico-Administrativo, en una banda paralela a la Escuela Agrícola, y conducidos por una barra a la altura de la mano, que tiene su origen en el edificio, se encuentra un pequeño jardín tacto-olfativo con etiquetas en "Braille" sobre la misma barra y plantaciones elevadas sobre una meseta de poca anchura, al alcance del brazo, en la que se reúnan plantas de textura y aroma agradables, para ser admiradas al tacto y al olfato.
- Continuando el paseo hacia el este, y siguiendo una tradición en los Jardines Botánicos encontramos la Colección Sistemática, formada por plantas principalmente Andalucía, Península Ibérica y Canarias, ordenadas filogenéticamente. Su diseño es también hispano-árabe con parcelas rectangulares rodeadas de bordura de plantas aromáticas con almeces como elemento arbóreo principal. Presenta forma de U, estando dividida por la continuación del Paseo Central.
- Paralelo al talud de la orilla y al eje principal discurre otro paseo que permite la visión directa del río y que se remata en dos miradores situados en la Colección Sistemática y Plaza del Museo de Etnobotánica. En la última de las Plazas del Jardín encontramos el Museo de Etnobotánica, y el Banco de Germoplasma Vegetal Andaluz.
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